Với mô hình công ty nằm trong trường học đã tạo cho Trường Cao đẳng Y Dược Phú Thọ một bản sắc riêng khác biệt với nhiều trường cao đẳng, đại học trong cả nước.Trên chặng đường hơn 30 năm xây dựng và phát triển Trường Cao đẳng Y Dược Phú Thọ trải qua 6 giai đoạn lớn của nhà trường với các tên gọi khác nhau: Cơ sở đào tạo Dược, Trung tâm đào tạo nghề Dược, Trường Kỹ thuật Dược Phú Thọ, Trường Trung học kỹ thuật Dược Phú Thọ, Trường Cao đẳng Dược Phú Thọ và nay là Trường Cao đẳng Y Dược Phú Thọ.
* Cơ sở đào tạo Dược (1990-2003)
Cơ sở đào tạo Dược chính thức được thành lập và đi vào hoạt động từ 20/11/1990.
* Giai đoạn Trường mang tên Trung tâm đào tạo nghề Dược (2003-2005)
Ngày 25 tháng 12 năm 2003 Cơ sở đào tạo Dược được nâng cấp thành Trung tâm đào tạo nghề Dược.
* Giai đoạn Trường mang tên Trường Kỹ thuật Dược Phú Thọ(T1/2005)
* Giai đoạn Trường mang tên Trường Trung học kỹ thuật dược (2005-2008)
Tháng 10/2005 Trường Trung học Kỹ thuật Dược được thành lập trên cơ sở Trường Kỹ thuật Dược Phú Thọ.
* Trường Cao đẳng Dược Phú Thọ (Từ 2008 – T5/2017)
Ngày 27 tháng 08 năm 2008 Trường Cao đẳng Dược Phú Thọ đã chính thức được thành lập trên cơ sở Trường Trung học Kỹ thuật Dược Phú Thọ.
Đây là mô hình trường tư thục đầu tiên có chức năng đào tạo, bồi dưỡng nguồn nhân lực Dược có trình độ Cao đẳng và thấp hơn. Nhà trường đã đào tạo thành công khoá Dược sĩ Cao đẳng chính quy đầu tiên của cả nước. Trong những năm qua Nhà trường đã góp phần không nhỏ trong việc đào tạo đội ngũ cán bộ Dược cho ngành Y tế Việt Nam.
Với những đóng góp và những thành quả đạt được qua các giai đoạn Nhà trường đã được nhận nhiều phần thưởng cao quý:
– Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ cho Trường Trung học kỹ thuật Dược  đã có nhiều thành tích trong công tác giáo dục và đào tạo từ năm 2004-2005 đến năm 2006-2007, góp phần vào sự nghiệp xây dựng chủ nghĩa xã hội và bảo vệ Tổ Quốc.
– Huân chương lao động hạng ba cho Trường Trung học Kỹ thuật Dược
– Bằng khen của Thủ tướng Chính phủ cho Công ty CP Dược Phú thọ.
– Giấy chứng nhận biểu tượng vàng vì sự nghiệp phát triển nguồn nhân lực Việt Nam và rất nhiều những phần thưởng cao quý khác.
* Trường Cao đẳng Y Dược Phú Thọ (Từ T6/2017 đến nay)
Theo Quyết định số 721/QĐ-LĐTBXH ngày 23 tháng 5 năm 2017 của Bộ trưởng Bộ Lao động Thương binh và Xã hội về việc đổi tên Trường Cao đẳng Dược Phú Thọ thành Trường Cao đẳng Y Dược Phú Thọ. Từ đó đến nay Nhà trường chính thức hoạt động với tên gọi Trường Cao đẳng Y Dược Phú Thọ.
Hiện nay, để phù hợp với quy mô, chức năng và nhiệm vụ trong tình hình mới, Trường Cao đẳng Y Dược Phú Thọ đã tổ chức lại cơ cấu các đơn vị trong trường gồm:
8 phòng ban chức năng như: 
     Phòng Tổng hợp
     Phòng Tài chính
     Phòng Đào tạo và Công tác học sinh, sinh viên
     Phòng Khảo thí và Đảm bảo chất lượng
     Phòng Điện – Thiết bị
     Phòng Y tế/ Phòng khám đa khoa Fushico
     Phòng Khoa học & Quốc tế
     Tổ Bảo vệ
6 Trung tâm:
     Trung tâm Hợp tác Đào tạo
     Trung tâm Thí nghiệm
     Trung tâm Thông tin – Thư viện
     Trung tâm Ngoại ngữ – Tin học
     Trung tâm Đào tạo nghề
     Trung tâm Nghiên cứu và chuyển giao công nghệ Dược.
3 Khoa:
     Khoa Dược: Gồm các bộ môn: Bộ môn Dược liệu, Bộ môn Hóa Dược – Dược lý; Bộ môn Kinh tế Dược; Bộ môn Bào chế.
     Khoa Cơ bản gồm các môn học: Giáo dục chính trị, Ngoại ngữ, Tin học, Giáo dục Quốc phòng – An ninh, Giáo dục Thể chất, Hóa, Vật lý.
     Khoa Y gồm các ngành: Y sỹ; Điều dưỡng; Hộ sinh; Kỹ thuật xét nghiệm y học; Kỹ thuật hình ảnh y học
Các hội đồng tư vấn:
     Hội đồng Khoa học và Đào tạo
     Hội đồng Tuyển sinh
     Hội đồng Thi đua, khen thưởng
     Các hội đồng tư vấn khác
Công ty TNHH một thành viên FUSHICO
Trường Mầm non Hoa Lan
Và nhiều tổ chức đoàn hội khác: Đoàn Thanh niên, Hội Sinh viên, Hội Cựu chiến binh, Ban nữ công…
Logo biểu tượng của nhà trường: 
– Tàu lá cọ: Màu xanh tượng trưng cho màu xanh của lá cây, cho sức sống trẻ trung, 18 xẻ quạt tiêu biểu cho 18 đời Vua Hùng nói lên vùng Đất tổ địa linh nhân kiệt. Tán lá được cắt tròn giống như chiếc nón quai thao dùng cho các cô thôn nữ vùng Sông Thao dịu dàng, đôn hậu.
– Hình ảnh viên thuốc hình nhộng: Đó là hình ảnh đặc trưng của nghề Dược. Viên thuốc có màu đỏ thể hiện màu chín của quả cây, màu chín của sự thận trọng trong nghề Dược chúng ta, đó cũng là màu đỏ của trái tim, của sự sống con người. Thương hiệu Cao đẳng Y Dược Phú Thọ với biểu tượng tàu lá cọ màu xanh và viên thuốc hình nhộng màu đỏ đã toả sáng khắp mọi miền của tổ quốc.
– Dòng chữ FUSHICO:
FU: viết tắt của chữ Phú Thọ, cái nghệ thuật ở đây là sự cách điệu sử dụng chữ F trong bảng chữ tên Latin.
S: chữ viết tắt của từ tiếng Anh – Supply (cung cấp, dịch vụ, phục vụ)
H: chữ viết tắt của từ tiếng Anh – Health (sức khỏe)
I: chữ viết tắt của từ tiếng Anh – Internetional (Quốc tế)
CO: chữ viết tắt của từ tiếng Anh – Company (Công ty), College (Trường Cao đẳng).
Như vậy, logo của Nhà trường là một biểu tượng tổng thể đầy đủ và hoàn thiện tạo cho nhà trường một sức mạnh và niềm tin cho tương lai đầy hứa hẹn.